El proyecto del Tren Maya se vincula, según diversas críticas, con señalamientos sobre presunto tráfico de influencias en las últimas décadas. En ese contexto, se ha mencionado a los hijos de Andrés Manuel López Obrador, quienes de acuerdo con denuncias habrían obtenido beneficios económicos. Asimismo, sus detractores consideran que el legado de esta administración incluye incidentes como explosiones e incendios en Dos Bocas, el descarrilamiento del Tren Interoceánico y un Tren Maya que, advierten, podría enfrentar riesgos significativos.